结构不同
打样机采用的是圆压平印刷方式，而印刷机为圆压圆印刷；打样机上的供水、供墨机构远不如印刷机那么完善，所以在水墨平衡、网点再现、图像层次等方面，打样样张和印刷品会有一定的差距。
印刷过程不同
多色印品在印刷机上为连续印刷，而在打样机上则为间歇式印刷，一张一张、一色一色地打样。连续印刷决定了印刷机是以湿压湿方式印刷，而打样机的间歇时间较长，在印后一色时，前一色已干，所以一般以湿压干方式进行。这两种方式决定了样张与印品会有不同的印刷效果，例如，在实地上印刷金墨，打样时印一遍金可能就达到了理想效果，然而在印刷机上，在实地印刷机组后安排两三个机组印金都印不出打样的效果，一定要等到实地色块干燥后才能印金。另外，金银卡纸印品不能联机上光，否则前面的印迹会被上光油拔掉。
印刷机的印刷压力比打样机大，同样的纸张在打样时能正常使用，在印刷机上就可能出现纸张剥皮等故障。
打样机通常在低速下印刷，而印刷机都是在高速下运转。有些样品为达到某种效果，需要墨层非常厚实，这在正常高速印刷时就做不到了，而过薄的墨层在高速印刷中又难以控制。
打样机上没有输纸、收纸过程，而印刷机上有。这就导致印刷输纸时，金银卡纸表面或印品上的印迹存在被输纸机构划伤，或者纸张变形太大无法顺利输纸的故障。收纸时，若墨层未干，还会造成印品粘脏，或纸张间相对移动造成印品擦伤，以及印品背面印迹被吸风轮刮伤。于是，收纸时常用喷粉法防止粘脏。可喷粉后，又可能会造成印品光泽度降低、表面粗糙；或在第二次上机套印时，后面墨色印不实；也可能由于喷粉过多，给后工序(比如覆膜、烫金等)带来隐患。当然，有时油墨中的添加剂也会影响印刷效果。另外，有些纸张过薄，在印刷机上印刷后会卷成一团，无法收纸。
其他方面
打样所用的晒版胶片一般为单拼版，而印刷生产所用的晒版胶片一般为多拼版，当多拼胶片由单拼胶片连拷而成时，就有可能出现套印不准，甚至网点丢失，从而造成印品与样张的偏差。
在印刷机上印刷时，还要考虑pH值、添加剂(比如红白燥油、调墨油等)及烘干装置的使用等方面的问题。
所以，打样时应考虑到印刷生产可能出现的问题，印刷时也要考虑到打样存在的问题，并进行适当调整，使印刷机上印出的产品和打样机上打出的样张相接近。
无论是在打样机上打样，还是在印刷机上印刷，纸张都会发生一定的伸缩，但其伸缩量不同。一般在打样机上打样，伸缩率较小，在印刷机上印刷，其伸缩率较大。因此，若多色套印需分几次上机印刷，在第二次套印时，就有可能出现因纸张变形而出现很明显的套印不准，且纸张的变形是无规律的。
在多色印刷时，经常会出现按打样油墨配比调配的油墨在印刷时出现很大的色差。这可能是因为打样时，墨辊上还残留有其他色墨，这些残墨虽然很少，但在打样所用的少许油墨中却占很大比例。所以，打样时应洗净墨辊。当然，有时纸张颜色有所不同也会造成色差。