凹版印刷机在使用的过程中会出现颜色无法完全重叠的现象，造成这一现象的原因主要有以下两个方面：
第一是操作工艺
张力设置不合理，张力太小，基材松弛，纵横向套色均不准;张力太大，基材横向收缩以及纵向套色不稳定，据此相应调节张力。温度不合适，特别是烘箱温度太高，冷却辊温度太高使薄膜变形，对于不太平整的薄膜应适当提高预热箱温度。烘箱中进排风量不平衡，造成薄膜在烘箱中抖动，应用风速计测量进排风量，加以控制。版辊安装不合适，如产生偏心，在版辊安装前一定要把堵头上的油墨洗干净。
关于这样的问题的处理对策主要是装刀时必须平整、细心、装刀前要检查刮刀片是否有缺口装刀后必须仔细研磨，在印刷过程中如有刀丝出现，须停机再仔细研磨，严禁磨刀的油混入油墨中。
第二是设备因素
整个设备的精度和性能，套印的张力控制，加热送风系统，压印橡胶辊、版辊、版轴、导向辊等系统的配合，这些情况决定了套印时的温度、压力、平行度、伸长率、卷取等，而套色系统本身更是限定了其精度。版辊的递增不合适，易产生纵向套色不准，压印辊橡胶变形，弹性不足。要保持压辊处于良好的状态。
在使用凹版油墨、间接凹版油墨或苯胺油墨的情况下，用K Printing Proofer(KPP)凹版打样机能够快速制得样品;由于具备激光雕刻印刷凹版和可达40米/分钟的高印刷速度，KPP是液态油墨生产厂家和用户的重要工具。